L'étude israélo-éthiopienne qui a permis une percée dans la recherche contre le Sida n'a pas été épargnée par le contexte géopolitique: guerre civile en Éthiopie, destruction d’un laboratoire en Israël par un missile balistique iranien.

Mais ces difficultés externes n'ont pas empêché les chercheurs de publier une étude publiée dans Nature Microbiology apporte un éclairage inédit sur le rôle du microbiome intestinal chez les personnes vivant avec le VIH. Après près de dix ans de recherche, les scientifiques démontrent que les bactéries intestinales peuvent, dans certaines conditions, renforcer un système immunitaire fragilisé par le virus.

Le projet était codirigé par le professeur Eran Elinav, immunologiste à l’Institut Weizmann des sciences, et la professeure Hila Elinav, spécialiste des maladies infectieuses et directrice de l’unité de médecine du sida au centre médical Hadassah. Ils ont choisi de conduire leur étude en Israël et en Éthiopie afin de comparer deux populations très différentes sur les plans génétique, alimentaire et environnemental. L’objectif : identifier des mécanismes biologiques universels plutôt que des phénomènes locaux.

L’étude a suivi environ 140 personnes séropositives — moitié en Israël, moitié en Éthiopie — toutes sous traitement antirétroviral, ainsi que des groupes témoins non infectés. Bien que les traitements actuels permettent aux patients de vivre presque normalement et empêchent l’évolution vers le sida, le virus persiste dans l’organisme, notamment dans la muqueuse intestinale, riche en cellules immunitaires appelées CD4. Ces cellules, principales cibles du VIH, ne se rétablissent pas complètement malgré le traitement.

Les chercheurs ont analysé sur plusieurs années la composition du microbiome intestinal des participants. Ils ont constaté que celle-ci diffère significativement chez les personnes vivant avec le VIH par rapport aux témoins. Plus la durée de l’infection est longue et plus le taux de cellules CD4 est bas, plus les modifications bactériennes sont marquées : certaines souches disparaissent, d’autres prolifèrent. Une partie de ces changements est commune aux deux pays, suggérant un phénomène universel lié au virus, tandis que d’autres variations reflètent des différences de mode de vie.

Pour déterminer si ces modifications ont un effet sur l’immunité, les scientifiques ont transféré les bactéries intestinales des participants à des souris dépourvues de microbiome. Le résultat est surprenant : les bactéries provenant de patients séropositifs ont augmenté les niveaux de cellules CD4 dans l’intestin des souris, parfois au-delà de ceux observés avec des bactéries issues de personnes non infectées. Autrement dit, le microbiome semble compenser partiellement les dommages causés par le VIH en stimulant la production ou le maintien de cellules immunitaires.

Cependant, cet effet protecteur atteint ses limites lorsque la maladie est à un stade avancé. Les bactéries issues de patients souffrant d’immunodéficience sévère ne parviennent plus à soutenir efficacement le système immunitaire. Les chercheurs ont également montré que les souris bénéficiant d’un microbiome « compensateur » résistaient mieux à certaines infections opportunistes.

Ces travaux suggèrent que le microbiome agit comme un véritable organe immunitaire, influencé par le système immunitaire mais capable aussi de l’influencer en retour. À la différence de la génétique, il peut être modifié, ouvrant la voie à de futures stratégies thérapeutiques fondées sur l’alimentation, les probiotiques ou d’autres approches ciblant certaines bactéries. Une piste prometteuse pour réduire le risque d’infections chez les personnes vivant avec le VIH.

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